Résumé :
Lorsque Tokyo est prise d'assaut par des appareils venus d'ailleurs, Ayato Kamina, jeune lycéen de 17 ans, se retrouve coincé avec ses amis dans les décombres d'une voie de métro. Gagnant la surface afin d'aller chercher des secours, il rencontre une jeune fille, Reika Mishima, qu'il décide de suivre. Ce qu'ils ignorent, c'est qu'ils sont pris en filature à la fois par de mystérieux "hommes en noir" et par une toute aussi mystérieuse jeune femme...