Résumé :
Trois années se sont écoulées depuis la fin de la guerre qui opposa la Terre à Jupiter. Terriens et Joviens luttent désormais côte à côte dans une force commune, et Ruri Hoshino est à présent le nouveau capitaine du Nadesico B. Mais d'étranges événements vont bientôt venir perturber cette paix encore bien fragile...