Le rondouillard et gourmand, Nikumaru Sarutobi, n'a qu'une obsession, devenir un ninja hors pair, pour cela, il intègre une académie spécialisée. Il y fait la connaissance de la fille du directeur, Mako Kiriga dont il tombe éperdument amoureux. En sa compagnie tout en suivant son apprentissage il va devoir affronter une autre académie bien décidée à les faire disparaitre lui et tous les élèves de l'établissement...