Resume : En l'an 0123 du Calendrier Universel, le gouvernement fédéral terrestre a réussi à se débarrasser de toutes les factions indépendantistes qui voulaient le reverser. Du moins, c’est ce que l’on pensait jusqu’à ce que la dynastie des Ronah ne décide de reprendre les idéaux de feu Zeon Zum Deikun (père de Casval Rem Deikun/Char Aznable) afin d’établir Cosmo Babylonia, une nation aristocratique composée des meilleurs éléments de la galaxie. Pour se faire, et à l’aide de leur armée privée, Crossbone Vanguard, ils comptent annexer des colonies et les populations de celle-ci. L’histoire commence alors qu’une invasion commence sur Frontier Side, territoire faisant partie de la colonie Side-4. Seabook Arno, le héros de cette histoire, et ses amis se retrouvent plongés en plein conflit face à l’armée de Crossbone Vanguard qui a vite fait de se débarrasser des soldats de la Fédération. Seabook et ses compagnons réussissent à s’enfuir et sont secourus par un vaisseau de la Fédération, le Space Ark. Mais entre-temps l’un des leurs s’est fait tuer et une autre a été enlevée par un pilote de Crossbone Vangard. La jeune femme en question, Cecily Fairchild, a été kidnappée car il s’avère en fait qu’elle fait partie de la famille Ronah ! Il y a dix ans, Berah (c’est son véritable prénom) avait été emmenée loin des siens par sa mère, qui souhaitait lui faire vivre une vie paisible. Celle-ci étant décédée, Cecily/Berah doit réintégrer sa famille, selon le souhait de son grand-père, afin de devenir le symbole de Cosmo Babylonia. Pensant que ses amis sont morts, la jeune femme accepte. Dans le même temps, Seabook découvre qu’à bord du Space Ark se trouve le Gundam F91 ("F" pour "Formula"), un mecha conçu par sa propre mère ! Seabook va ensuite se retrouver à piloter cet engin, ce qu’il parviendra aisément car il est un newtype, une personne possédant des pouvoirs spéciaux. Malheureusement, sa route va devoir croiser celle de Cecily, alors les deux jeunes gens - qui sont épris l’un de l’autre - sont désormais dans des camps opposés...