Resume : Sacha, Ondine et Jacky poursuivent leur voyage qui les conduit, à cause d'une violente tempête, sur l’ile de Shamouti. Là-bas, ils sont accueillis par les amis de Maren (leur navigatrice) et notamment Melodie. Cette jeune fille s'éprend immédiatement de Sacha, ce qui rend évidemment Ondine très jalouse. Au même moment, une cérémonie en l’honneur des dieux Pokémon va commencer. Elle consiste à réunir trois sphères qui se trouvent sur trois îles différentes de manière à calmer les éléments déchainés. Bientôt, on apprend que l'équilibre des éléments est perturbé à cause de Gelardan, un collectionneur de Pokémon rares. Celui-ci a décider de capturer les oiseaux légendaires : Sulfura, l’oiseau de feu, Elektor, l’oiseau du tonnerre, Artikodin, l’oiseau de glace ainsi que Lugia, l’oiseau de l’eau. Sacha, qui selon une "fausse" prophétie serait l’Élu, devra sauver le monde avec l’aide de ses amis et même de ses ennemis Jessie et James, le duo de la Team Rocket.