Natsuki, élève d'un lycée catholique, se réveille sur une plage après qu'une terrible tempête se soit abattue sur le bateau où elle et ses camarades de classe voyageaient. Elle découvre qu'elle a été transportée au XVIIe siècle. Championne de kendo, elle est accueillie à bras ouverts par les catholiques qui subissent alors la répression du shogun et voient en elle leur sauveur.
Mais Natsuki n'est pas la seule à avoir remonté le temps : Natsuzumi et Masaki, deux garçons de sa classe et rivaux au kendo sont également prisonniers de cette année 1637 et vont se retrouver à combattre dans des clans ennemis.