Resume : Le professeur Hershel Layton est un éminent professeur d'archéologie dont l'intelligence et le sens de la déduction n'ont rien à envier à ceux de Sherlock Holmes, ce qui lui a valu de résoudre bon nombre d'enquêtes policières, en compagnie de Luke, son jeune assistant, et parfois aidé de son ancienne assistante Emmy et du docteur Schrader.
Layton est contacté par Janice Quatlane, une de ses anciennes élèves devenue cantatrice, qui lui demande de l'aide. Elle dit avoir vu le fantôme de Mélina, sa meilleure amie décédée et fille du compositeur Oswald Whistler.
Invité à assister à une de ses représentation sur scène en compagnie de Luke à l'opéra Crown Petone, le professeur ne se doute pas de ce qui l'attend : le directeur de l'opéra, un mystérieux homme masqué, prend en otage les spectateurs et les forces à participer à un jeu morbide, à savoir répondre à ses énigmes mortelles, qui entraîne la mort des participants ayant mal répondus, jusqu'à ce qu'il ne reste plus qu'un survivant (auquel le directeur promet la vie éternelle). Mais nos deux héros découvriront bien vite que derrière ces évènements se cache un secret plus terrible encore...