Resumen : Un inconnu est découvert gisant sur une plage, inconscient et blessé par balle à la tempe (le Jour du soleil noir). Complètement amnésique, il ne se souvient plus de son nom, ni de son passé et porte un mystérieux chiffre « XIII » tatoué au-dessus de la clavicule gauche, nombre qui servira à l’identifier tout au long de la série. Il découvre rapidement qu'un tueur à gage, surnommé « La Mangouste », et ses hommes sont à ses trousses et que le colonel Amos des services secrets le recherche pour l'assassinat de William Sheridan, le président des États-Unis, quelques mois plus tôt.

À la recherche de son identité, XIII découvre que son tatouage est lié à un vaste complot visant à instaurer une dictature fasciste aux États-Unis. Les cinq premiers tomes de la série relatent la manière dont le héros, aidé en particulier par le général Benjamin Carrington et le lieutenant Jones, parvient à empêcher le coup d’état et démonter le complot (Rouge Total) sans toutefois identifier son chef (le numéro I), jusqu’à l’élection de Walter « Wally » Sheridan, frère de William, comme président des États-Unis. Dans ce but, l’homme au numéro XIII, en réalité nommé Jason Fly, fut engagé comme mercenaire pour jouer le rôle du capitaine Steve Rowland, véritable numéro XIII de la conspiration afin de tenter de remonter le complot. Il subit dans ce but des opérations de chirurgie esthétique visant à le faire passer pour le capitaine assassiné après son forfait, puis apprend auprès de sa veuve, Kim Carrington, à se comporter de la même façon. Mais, trahi, il est piégé par les hommes de la Mangouste, puis blessé juste avant le début de la série.

S’ensuit la quête de l’identité et des souvenirs du héros. De retour dans le village de son enfance, Greenfalls, il découvre le contexte de la mort de son père, Jonathan Fly, en réalité Mac Lane, journaliste communiste assassiné par le Ku Klux Klan (la Nuit du 3 août). Puis, lors de la révolution au Costa Verde, il apprend qu’il fut guérillero sous le nom de Kelly Brian, alias El Cascador, sorte de Che Guevarra local (El Cascador). Capturé par les hommes du dictateur en titre, il fut racheté immédiatement après l’assassinat de Sheridan par les services de contre-espionnage des États-Unis pour jouer le rôle de Rowland, tandis que la fausse mort du Cascador fut annoncée dans la presse. Il rencontre surtout Sean Mullway, trafiquant d’armes d’origine irlandaise et cousin de Jonathan Mac Lane, qui s’avère être en réalité son père biologique, contraint à abandonner son fils après avoir été accusé du meurtre de sa femme, Carla Giordino (Trois montres d’argent).

Parallèlement, XIII, toujours assisté de Jones, se lance sur ordre du nouveau président Wally Sheridan à la recherche du numéro I de la conspiration. Poursuivi par la Mangouste et son associée Irina Svetlanova, il parvient néanmoins à retrouver Kim Carrington, numéro XVII. Il s’avère que celle-ci était une agent double : envoyée par les services de contre-espionnage infiltrer la conspiration des XX par le biais du capitaine Rowland, c’est en fait sur chantage de Wally Sheridan qu’elle est devenue agent, afin de pouvoir trahir XIII au début de sa mission. Celui-ci ne parvient pas à la sauver de la Mangouste, et perd ainsi la seule preuve que Wally est le numéro I, assassin de son propre frère : tous les appuis de XIII ayant été assassinés ou rendus proscrits, c’est seul que le héros affronte l’homme le plus puissant de la planète et se place dans une situation de mort en sursis (Treize contre Un). Carrington, pour faire éclater la vérité au grand jour, kidnappe le président et organise son procès télévisé, mais Wally est accidentellement tué par le nouveau patron du contre-espionnage, Frank Giordino et par le nouveau chef d’état-major, James Elroy Wittaker. La Mangouste, mortellement blessée, avoue en direct l’implication de Wally dans le complot, Carrington et Jones sont contraints de fuir le pays (le Jugement).

Dans la dernière partie de la série, Frank Giordino devient l’antagoniste principal. Patron du contre-espionnage, mais aussi ancien directeur de la CIA, directeur de la NSA, issu d’une famille maffieuse et meurtrier de Carla Giordino, sa propre sœur et mère de XIII, il convainc le nouveau président que le héros, par le passé Kelly Brian, est en réalité un terroriste de l’IRA provisoire activement recherché et lui fait endosser la responsabilité de la mort de Wally Sheridan (Secret Défense). Tout en envoyant à sa poursuite les tueurs de la NSA, il fait pression sur le New York Daily prêt à publier une enquête sur la conspiration des XX et les pratiques de l’agence sous sa direction (The XIII mystery : L'Enquête). Allant jusqu’à tenter de tuer le général Wittaker prêt à parler, renverser le nouveau régime démocratique du Costa-Verde par un attentat engendrant des milliers de victimes potentielles, et abattre l’homme au numéro XIII par tous les moyens, il est finalement démis de ses fonctions puis tué après avoir témoigné devant commission d’enquête sur ses actes à la tête de la NSA (Le Dernier Round).