Resumen : Cloné à partir de l'ADN de Mew, le plus rare de tous les fameux Pokémons, le redoutable Mewtwo se pose tout un tas de questions existentielles sur sa nature même et entre dans une rage folle lorsqu'il comprend qu'il est manipulé par les hommes à l'origine de sa création, et notamment le sinistre Giovanni, chef de la Team Rocket.
Quelques temps après avoir disparu dans la nature, la créature organise un grand tournoi opposant les meilleurs dresseurs de Pokémon qui soient. C'est naturellement que Sacha, Ondine, Pierre et Pikachu entrent en scène à ce moment et vont se retrouver face à Mewtwo, qui les affronte avec une équipe de Pokémon clones avant de voler ceux de ses adversaires pour les cloner à leur tour...
Sacha et ses amis pourront-ils s'opposer aux sinistres projets de ce monstre ultime ?