Resumen : Il était une fois un homme qui mourut. Le métier de cet homme consistait à créer et raconter des contes. Mais il ne put échapper à la mort. Son dernier conte narrait le combat d’un beau et courageux prince contre le Grand Corbeau diabolique. Leur conflit fut ainsi condamné à ne jamais connaître de fin. (Introduction de l’épisode 1 traduite par Déclic Images)

Quelque part dans un étang envahi par la brume, un petit caneton observe le prince du conte danser sur l’eau. L’animal est visiblement épris de ce bel inconnu et rêve de danser avec lui, mais constate avec amertume qu’il n’est qu’un canard. C’est alors qu’une voix semblant sortir d’outre-tombe s’adresse à lui avant qu’un individu à l’allure excentrique ne surgisse brusquement devant le petit canard... qui se réveille alors en fillette ! L’introduction du début n’était semble-t-il qu’un rêve.
Nous faisons donc connaissance avec l’héroïne de l’histoire : Ahiru, 13 ans, est une jeune élève de ballet pas très douée en danse. Rêveuse et pratiquement toujours distraite, la jeune fille n’attire pas vraiment l’attention de la part de ses camarades, sinon celle de ses deux copines, Piké et Ririé, qui ne manquent pas l’occasion de taquiner gentiment leur camarade. Ahiru n’a elle d’yeux que pour le beau Mytho, le fameux prince apparaissant dans ses rêves ; un jeune homme silencieux et taciturne, complètement hermétique aux sentiments, mais aussi physiquement inaccessible. En effet, son meilleur ami Fakir veille jalousement à ce que Mytho n’ait aucun contact avec les autres élèves et qu'il ne sorte que pour aller en cours. Il déteste en particulier Ahiru pour une raison inavouée (peut-être liée à l’intérêt de cette dernière pour Mytho ?) Fakir se méfie également de Rue, une autre élève de ballet, plus âgée qu’Ahiru et également beaucoup plus douée. Très admirée par ses camarades et les professeurs, Rue semble toute disposée pour devenir la partenaire en danse de Mytho.
Un jour, en tentant de sauver un petit oiseau prisonnier du toit, Mytho fait une lourde chute depuis la fenêtre de sa chambre. Témoin du drame, Ahiru se transforme alors en Princesse Tutu et devient une ballerine hors-pair grâce à la magie de son pendentif, sauvant ainsi la vie au jeune homme. L’homme mystérieux qui avait surgi devant le petit canard au début de l’épisode apparaît alors devant Ahiru/Tutu et lui raconte l’histoire du prince et du Grand Corbeau. Mytho serait le prince du conte, privé de cœur (et donc de ses sentiments) depuis qu’il y a enfermé son pire ennemi. Il lui apprend aussi qu’elle est en vérité un canard (Ahiru signifie canard en japonais !) transformé en petite fille après que cet homme, qui se prénomme Drosselmeyer, ait compris qu’Ahiru aimait le prince.
Pour aider Mytho, Ahiru doit désormais utiliser ses pouvoirs de Princesse Tutu pour retrouver les fragments dispersés du cœur. Mais une destinée tragique attend jeune fille : dans le conte, Tutu est condamnée à ne jamais être aimée du prince et donc à redevenir un canard à la fin de l’histoire...