Resume : L'histoire commence dans les sous-sols d'une école japonaise où l'on découvre les ruines d'une civilisation jusque là inconnue. Un soir, un étudiant qui se trouvait par hasard sur les lieux, Makoto Mizuhara, voit apparaître devant lui une mystérieuse jeune femme. Et le voilà qui se retrouve projeté dans un monde parallèle, El Hazard ! Mais il n'est pas le seul terrien téléporté là-bas, Mr Fujisawa son professeur alcoolique et accro à la cigarette, Katsuhiko Jinnai, un étudiant jaloux de Makoto, et Nanami, la soeur de Jinnai, sont également du voyage.
Dès leur arrivée, Makoto et son professeur sauvent Rune Venus, princesse de Roshtaria, d'un groupe d'insectes géants hostiles aux habitants du royaume de Roshtaria, les Bugroms. Rune Venus les invite dans son palais pour les remercier mais surtout pour demander un service particulier à Makoto : il devra se faire passer pour sa sœur Fatora, qui a récemment disparu, lors du conseil royal. En effet, Makoto possède une certaine ressemblance avec la jeune princesse ! Non sans réticences, Makoto accepte. Pendant ce temps, Jinnai atterrit chez les Bugroms, et rencontre leur reine, Diva, qui pense que Jinnai est envoyé par la providence pour l'aider à conquérir Roshtaria !
Effrayée par la menace que représentent les Bugroms, Rune Venus confie une seconde mission à Makoto : retrouver Shayla-Shayla, Afura Mann et Mizu Mishtal, les trois prêtresses gardiennes de l'Oeil de Dieu, une arme capable de détruire le monde. Durant sa quête, Makoto retrouve Nanami, qui avait eu le malheur de se retrouver perdue en plein milieu du désert après sa téléportation ! Sa mission effectuée, Makoto rentre au palais et rencontre Galus, le fiancé de Rune Venus, qui semble nourrir de noirs desseins...