Résumé : Au début des années 2000, 31 ans exactement après une première agression d'envahisseurs infiltrés parmi la population japonaise, la menace extraterrestre est de retour. L'AEGIS, l'organisation secrète en charge de cette lutte à la fin des années 60 ayant été dissoute, un nouveau groupe de résistants clandestins, l'AEGIS Network, dirigé par Reiji Kageyama, a été créé. Une lycéenne marginale, Ayane Isuzu, possèdant un pouvoir spécial, fait justement partie de ce groupe. Un jour, elle surprend une fille de son école, Miu Mazanaru, utiliser le même genre de pouvoir qu'elle et la fait rentrer à l'AEGIS Network. Dans le même temps, Reiji recrute Satoka Tachikawa, une jeune fille venue d'une autre région. Les trois filles ayant des caractères très différents, leur collaboration peine à fonctionner. Parviendront-elles néanmoins à repousser les envahisseurs et à contrer celle qui semble tirer les ficelles en coulisses, la mystérieuse Ghost Girl ?